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学科(専攻)・科目の種別等
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地球生命圏 生物学コース ・・・・・・・・・・・・・・・ |
授業コード Class Code |
S22107501 | 科目コード Course Code |
S221075 |
| 授業の方法 Course Type |
講義 | 単位数 Credits |
2 | ||
| 期別 Semester Offered |
前期 | 曜日・時限 Day & Period |
火４ | ||
| 授業科目 Course Title |
系統学特論 |
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| Advanced Lecture on Phylogenet | |||||
| 担当教員 Instructor |
綿野 泰行,朝川 毅守 | ||||
| 概要 Brief Description |
この講義では、分子進化の基本概念について学び、さらに様々な系統構築法（距離行列法、最節約法、最尤法、ベイズ法）の原理と実践について、系統解析のコンピューターソフトウェアを実際に使って、学習を行う。 | ||||
| 目的・目標 Objectives and Goals |
DNAの塩基配列を用いた遺伝子や生物の系統推定は、様々な生物学分野での一般的解析手法となっている。配列データを用いた系統解析について、正しい原理の理解と、実践的な解析手法を身につけることを目的とする。 目標： 1）分子進化の素課程が理解できる。 2）公的DNAデータベースから目的の塩基配列情報を検索し、ダウンロードできる。 3）配列のアラインメントができる。 4）複数の手法での系統解析ができる。 |
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| 授業計画・授業内容 Course Plans and Contents |
1）ガイダンス：使用するプログラムの入手法 2）分子進化と遺伝的浮動 ・中立突然変異が固定する機構 ・プログラム：エクセル 3）DNAデータベース：検索とダウンロード ・DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強 ・プログラム：メモ帳, ClustalX ・近隣接合法：MEGA 4）coalescent theory ・系統のソーティング ・species treeとgene treeの不一致：MCcoal 5）最節約法 ・最節約法の原理と実際 ・プログラム PAUP 6）最尤法 ・分子進化のモデルと最尤法の実際 ・プログラム：ModelTest, PAUP |
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| キーワード Keywords |
molecular evolution, sequence database, phylogeny inference | ||||
| 教科書・参考書 Textbooks/Reference Books |
Phylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual. Barry G. Hall (著) Sinauer Associates Inc ; ISBN:0878933123 ; 2nd ed. | ||||
| 評価方法・基準 Evaluation Procedures and Criteria |
毎回の授業の最後に、課題の提出を求める。 試験は行わない。 確実に毎回のレポートを遅れないで、こなすことが重要。 |
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| 関連科目 Related Courses |
系統解析論：この系統学特論の上級版である。 |
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